MERCURIAL permet une gestion avancée d'un portefeuille d'effets.

Lors de la saisie des règlements clients, l'utilisateur peut très facilement préciser que la nature du règlement est un effet. Toutes les caractéristiques de l'effet (compte, type d'acceptation, échéance, etc.) sont alors automatiquement calculées ou déduites par MERCURIAL, l'utilisateur n'ayant plus qu'à vérifier ou contrôler les données au passage s'il le désire. MERCURIAL sait gérer à cette occasion des opérations plus complexes telles que le groupage d'effets. Plusieurs comptes bancaires peuvent être mémorisés pour un même client.

De nombreuses éditions permettent par la suite d'éditer les effets entrés en portefeuille classés par date d'échéance, mais aussi ceux déjà sortis du portefeuille. Il est possible aussi de restituer l'état du portefeuille à une date donnée, ce qui peut s'avérer particulièrement utile dans certaines situations.

Les effets « vivants » en portefeuille peuvent être facilement corrigés (reports d'échéance par exemple) ou détruits. La possibilité est offerte par ailleurs de créer de toutes pièces un effet, indépendamment d'un règlement client.

La procédure dite de « sortie du portefeuille » propose une liste d'effets vivants à sortir à bonne échéance. Après confirmation et contrôle éventuels de chacun des éléments de cette sélection, MERCURIAL édite les bordereaux de remise d'effets classés par nature d'effets (B.O.R., LCR papier, LCR magnétique), l'acte de cession de créances, et crée éventuellement la disquette à destination de la banque pour les LCR magnétiques. Le fichier généré par MERCURIAL est parfaitement compatible avec les normes interbancaires, ce qui permet de le télé-transmettre au lieu de le remettre sur support magnétique.